研究紹介

生命機能科学研究センター

分子配列比較解析ユニット

ユニットリーダー 工樂 樹洋 (Ph.D.)
工樂 樹洋 (Ph.D.)

我々のからだのつくりや生命現象の設計図ともいえるゲノムは、突然創られたものではなく、数十億年にもわたる度重なる変更の産物です。現存のどの生物のゲノムにも歴史があり、その情報を生物種のあいだで比較することによって、過去にどのようなゲノムの改変が起きたのか、推測することができます。ゲノム進化の歴史を紐解くことにより、ヒトをはじめとする多様な生物の現在の活動を支える分子メカニズムの成り立ちを探ることが可能となります。

当研究室では、先端的なDNA解析技術とバイオインフォマティクスを駆使し、脊椎動物のゲノム構造やエピゲノム制御をおもな対象として、遺伝子や他の機能因子の多様性と進化について研究を行っています。多様な脊椎動物の全ゲノムプロジェクトを主導しながら、そこから得た生物学的知見と技術運用のためのノウハウをヒトや実験動物の広範な生命科学研究につなげることをめざして、分子進化学的・ゲノム学的視野に立った生物多様性リテラシーの普及のための活動も行っています。

キーワード

  • ゲノム情報学
  • 分子進化
  • 生物多様性

主要論文

  1. Hara Y, Yamaguchi K, Onimaru K, Kadota M, et al.:
    "Shark genomes provide insights into elasmobranch evolution and the origin of vertebrates."
    Nature Ecology and Evolution (2018), doi: 10.1038/s41559-018-0673-5.
  2. Hara Y, Takeuchi M, Kageyama Y, et al.:
    "Madagascar ground gecko genome analysis characterizes asymmetric fates of duplicated genes."
    BMC Biology 16.40 (2018)
  3. Onimaru K, Kuraku S.:
    "Inference of the ancestral vertebrate phenotype through vestiges of the whole genome duplications."
    Briefings in Functional Genomics (2018)
  4. Onimaru K, Motone F, Kiyatake I, et al.:
    "A staging table for the embryonic development of the brownbanded bamboo shark (Chiloscyllium punctatum)."
    Developmental Dynamics 247(5). 712-723 (2018)
  5. Nishimura O, Hara Y, Kuraku S.:
    "gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies."
    Bioinformatics 33(22). 3635–3637 (2017)
  6. Kadota M, Hara Y, Tanaka K, et al.:
    "CTCF binding landscape in jawless fish with reference to Hox cluster evolution."
    Scientific Reports 7(1). 4957 (2017)
  7. Kuraku S, Feiner N, Keeley SD, Hara Y.:
    "Incorporating tree-thinking and evolutionary time scale into developmental biology."
    Development, Growth & Differentiation 58(1). 131-142 (2016)
  8. Kuraku S, Zmasek CM, Nishimura O, Kato K.:
    "aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity."
    Nucleic Acids Research 41(W1). W22-28 (2013)
  9. Smith JJ, Kuraku S, Holt C, et al.:
    "Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provide insights into vertebrate evolution."
    Nature Genetics 45(4). 415-421 (2013)
  10. Kuraku S.:
    "Impact of asymmetric gene repertoire between cyclostomes and gnathostomes."
    Seminars in Cell and Developmental Biology 24(2). 119-127 (2013)

メンバーリスト

主宰者

工樂 樹洋
ユニットリーダー

メンバー

中川 れい子
専門職研究員
山口 和晃
研究員
宇野 好宣
研究員
西村 理
技師
門田 満隆
技師
鬼丸 洸
基礎科学特別研究員
アブドルハミド レハブ フォアド
テクニカルスタッフⅠ
種子島 千春
テクニカルスタッフⅡ
辰見 香織
テクニカルスタッフⅡ

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3 理研BDR 発生・再生研究棟C 2階S204号室

shigehiro.kuraku [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

関連リンク

最新の研究成果

2018年11月: 理研ニュース
PDF(2,975KB)
2018年10月9日: 報道発表資料
サメのゲノムを解読
2018年4月16日: 報道発表資料
爬虫類ソメワケササクレヤモリの全ゲノム解読